Pilot�� to pierwszy - jak sama nazwa wskazuje - startowy odcinek serialu.
Film zaczyna się, gdy Michael Scofield, zdolny architekt kończy swoją wizytę w salonie tatuażu, wychodząc stamtąd, będąc pokrytym fantazyjnymi wzorami. Chwile później akcja przenosi się do mieszkania, gdzie Michael niszczy wszelkie ślady dotyczące jego ostatnich zajęć, wyrzuca dysk twardy przez okno, zabiera pistolet leżący na stoliku i wychodzi z domu.Trzy strzały… dokładnie tyle razy Michael pociąga za spust w banku. Mimo, że posiada już milion dolarów w torbie, ciągle prosi o więcej grając - jak wiemy - jedynie na czas. W konsekwencji daje się złapać policji.

Michael przyznaje się do winy i zostaje skazany na 5 lat pozbawienia wolności. Sędzia przychyla się do jego wniosku dotyczącego wyboru więzienia w którym odsiedzi wyrok i osadza go w Fox River - więzieniu, gdzie jak się niebawem dowiemy, na wykonanie egzekucji oczekuje jego brat.

W więzieniu Michael poznaje ludzi, którzy mają docelowo pomóc mu się stamtąd wydostać (razem z bratem), oraz przedstawia bratu swój plan ucieczki wytatuowany na jego skórze.

Michael Scofield musi przewidzieć każdy kolejny krok, jeśli jego świetna strategia ma się powieść.Jego starszy brat, Lincoln Burrows zostałwrobiony w morderstwo, którego nie popełnił i skazany na śmierć. Mimo jednoznacznych dowodów, wskazujących na jego winę, Michael postanawia ratować go za wszelką cenę.

Scofield trafia do izby przyjęć po tym, jak banda Abruzziego odcina mu palec u lewej stopy. Michael planuje wtajemniczyć Secure w swój plan ucieczki, jednak Lincoln jest temu przeciwny…
T-Bag przygotowuje broń do zemsty za zabicie jego przyjaciela. LJ (syn Lincolna) zostaje ’skazany’ na wizyty u swego ojca, który ma sprowadzić go na ‘dobrą drogę’. Wspólnik Abruzziego, coraz bardziej naciska na niego, aby ten wyciągnął ze Scofielda informace na temat człowieka, który pomógł w rozbiciu szajki Abruzziego. Secure poprawnie przechodzi test Michaela, jednak nie chce z nim współpracować. Ostatecznie Secure przenosi się do innej celi.
Abruzzi chcąc pokazać Michaelowi, że jest po jego stronie, napada na T-Baga.
Nowym współlokatorem Scofielda zostaje Charles “Haywire” Patoshik - więzień z psychiatryka.

Lincolna dręczą koszmary, w których widzi siebie samego na krześle elektrycznym…
Michael sprawdza, czy Haywire jest człowiekiem godnym zaufania, jednak okazuje się, że jest to osoba w pełni niezdolna do życia na wolności, gotowa podkablować Scofielda w każdej chwili.
Od momentu gdy Haywire zobaczył tatuaż Michaela, chodzi za nim niesutannie, starając się rozgryźć jego znaczenie. Ostatecznie dochodzi do tego, że wzory na skórze Scofielda układają się w plan jakiejś drogi…Pope ‘zatrudnia’ Michaela to budowy prezentu dla swojej żony. Michael zgadza się, prosząc przy tym, o przeniesienie Haywire do innej celi, jednak dowiaduje się, że za przeniesienia odpowiedzialny jest Bellick.

Secure dowiaduje się, że Marie Cruz ma nowego faceta. Od tego momentu stara się on przyłączyć do planu Scofielda.
Tymczasem Michael zbiera w magazynie niezbędne chemikalia do produkcji “Cute Poison”, czyli żrącej substancji, mającej na celu skorodowanie rury w izbie przyjęć.

Veronica rozpoczyna współprace z człowiekiem z Project Justice, mając na celu zgromadzenie dowodów uniewinniających Lincolna.
Michael rani się w celi, pozorując tym samym pobicie przez Haywire - w ten sposób pozbywa się go z celi.
Do Michaela wraca Secure - gotowy już kopać tunel.

Agent Kellerman załatwia przeniesienie dla Scofielda do innego więzienia…
… wszystkie plany wydają się być przesądzone.
Nick Savrinn (człowiek z Project Justice) we współpracy z Veronicą odkrywają, że taśma pokazująca, jak Lincoln zabija brata pani Vice Prezydent może być sfałszowana.
Michael stara się zablokować swój transport na 30 dni - prawie mu się udaje… Abruzzi pomaga zdobyć mu klucz od tylnego wejścia do gabinetu Popa.
Kellerman nadal szantażuje Popa, ‘proszac’ go o przeniesienie Michaela do innego więzienia.
Scofield znika z celi… nie stawia się na liczenie, rozpoczyna się obława na zbiega… Pope decyduje się przenieść Michaela… sprawy zaczynają się komplikować…Wersja lekko ‘muzyczna’

Michael z Secure rozpoczynają wiercenie dziury w ścianie za pomocą… ubijaczki do jajek…
Veronica posądza Nicka o zabranie taśmy z jej domu… Więźniowie przygotowują się do kolejnego buntu.
Okazuje się, że kluczem do sukcesu przy wierceniu w ścianie jest szkic demona, który znajduje się nad nadgarstkiem Michaela.
Theodor wszczyna bunt w więzieniu… w chwile później informacja o buncie dociera do pacjentów w izbie chorych. Tam również wszczyna się bunt. Sara staje sama ze strażnikiem przeciwko grupie rozwścieczonych więźniów… strażnik niestety szybko zostaje unieszkodliwiony i pani doktor musi radzić sobie sama.
Lincoln zostaje porządnie pobity przez ludzi T-Baga. Michael dowiadując się o niebezpieczeństwie, jakie grozi Sarze, postanawia po nią wrócić. Tymczasem ludzie tajemniczej ‘kobiety wydającej polecenia’ rozprawiają się z Lincolnem. Uwaga: odcinek bardzo STRESUJĄCY!!!

Trwa dalsza część wstrząsającej walki Sary o przeżycie… na terenie więzienia pojawia się Senator Tancredi - ojciec Sary…
Trwa dalsza część wstrząsającej walki Sary o przeżycie… na terenie więzienia pojawia się Senator Tancredi - ojciej Sary.
Ludzie tajemniczej ‘kobiety’ starają się zabić Lincolna, zwabiając go w pułapkę. Tymczasem Michael przedostaje się poprzez system wentylacyjny na teren izby chorych, aby pomóc Sarze. Wydostaje ją z pułapki w której się znalazła, a następnei ucieka razem z nią przed ‘chorymi’ z izby.
Snajperzy przyjmują pozycje na dachu… biorą Scolfielda za jednego z napastników i próbują go zabić…
Veronica odbiera tajemniczy telefon z budki telefonicznej.
T-bag nie może się powstrzymać i ostatecznie zabija strażnika.

Pope oświadcza żonie Boba, że podczas buntu więźniów jej maż został zamordowany i obiecuje jej schwytanie mordercy…
Bellick przeszukuje wszystkie cele w poszukiwaniu wskazowek, kto mógł zabic
straznika. Dowiaduje sie ze Charles wie kto to zrobił…
Bellick rozpoczyna szantarz wobec niego, a nastepnie zabija
Westmoreland’owi jego ukochanego kota.Grupa pracy dowiaduje sie o planie Michaela, który zakłada wykopanie dziury w samym środku kanciapy strażników.
TYlko dzięki temu, mogą dostać sie do instalacji kanalizacyjej, która prowadzi do izby chorych. Michael prosi o pomoc Charles’a w dostaniu sie ekipy pracy do kanciapy. Westmoreland w odwecie za zabitego kota podpala kanciape straznikow, wrabiając w to Bellicka.

W domu Veroniki wybucha bomba, ale na szczescie ona i Nick wychodza z tego cało. Okazuje się, że bombe podlożyli Agenci.

Agenci Kellerman oraz Hale zabijaja matke LJ a następnie zrzucaja na niego cała wine…

Do Fox River przyjeżdża transport z kolejną partią więźniów…
Wsrod nich znajduje się Tweener zlodziej kieszonkowiec, który został skazany za kradzież wartościowej karty bejsbolowej. Od razu zostaje on pupilkiem T-Baga.
Sara spotyka sie z lekarzem Michaela i dowiaduje sie o jego chorobie, dzięki której może on analizować duzo więcej szczegółów, niż przeciętny człowiek.
Abruzzi nie ma pieniędzy by zapłacic Bellickowi łapowkę za która może on kieroważ ekipą pracujacą w foxriver.
W konsekwencji tego, John traci kontrolę nad grupą pracy, a na miejsce jego ekipy, pojawia się nowa, kierowana przez jego
znajomego z celi.

Michael ujawnia Falzone miejsce pobytu Fibonacciego…
Falzone opłaca Bellicka, dzieki czemu John ponownie zaczyna kierować ekipą pracy.
Kellerman i Hale dostają nadzór agenta Quinna, ktory ma im pomóc w schwytaniu LJ’a
Quinn zabija w mieszkaniu byłego narzeczonego Veroniki, a następnie namierza poprzez GPS jej miejsce pobytu i wyrusza do ich kryjówki.
Do ekipy pracy Abruzziego dołącza C-note.